Em 2015 o Campus Binacional passou por um processo de reestruturação administrativa e teve implantado a nova estrutura organizacional abaixo, regulamentada pela Resolução 023/2015-CONSU, que dispõe sobre a reestruturação administrativa, competência e atribuições da Direção Geral do Campos Binacional do Oiapoque, na âmbito da Universidade Federal do Amapá.

Organograma e Estrutura organizacional

A estrutura organizacional do Campus Oiapoque é composta por: Conselho do Campus; Direção-Geral (DG), Coordenação de Administração e Planejamento (COAP); Coordenação de Gestão de Pessoas (COGEP); Coordenação de Graduação (COGRAD); e Coordenação de Pesquisa, Extensão e Assuntos Estudantis (COPEA), além das demais unidades vinculadas. A Figura 3 representa o organograma do Campus Binacional de Oiapoque.