A Universidade Federal do Amapá possui 20 laboratórios de informática com 430 computadores. Todos possuem acesso à internet e ao Portal de Periódicos da CAPES. Dentre os laboratórios existentes, 05 laboratórios de informática com 92 computadores são para uso exclusivo da Pós-Graduação. Nas dependências da universidade também é possível acesso à internet sem fio que permite utilizar a rede com os próprios equipamentos, tanto em sala de aula, quanto nos espaços de convivência da Instituição.
Esta IFES conta ainda, com 63 laboratórios onde são realizadas atividades de ensino, de pesquisa e de extensão nas diferentes áreas de conhecimento. Destes, oito (08) laboratórios estão diretamente ligados ao Departamento de Filosofia e Ciências Humanas, no qual todos/a os/a docentes desta proposta alocam-se funcionalmente. Destacamos, à guisa de exemplo, o Laboratório de Relações Internacionais e Geopolítica (LABRIGEO) como núcleo fundamental das atividades de ensino e pesquisa do curso de Relações Internacionais, cujo espaço tem ultrapassado as atribuições laboratoriais a ele inerentes, para alcançar as instituições da área de Segurança no estado, com oferta de especialização com foco nas questões de fronteira.
Pelo fato da maioria dos docentes desta proposta estar vinculado ao Curso de Ciências Sociais da UNIFAP, o mestrado em Estudos de Fronteira, também se beneficiará do Laboratório do Curso de Ciências Sociais (LABOCS) da Universidade Federal do Amapá (UNIFAP) que se situa em Macapá, Capital do Amapá, funcionando no bloco do Campus Marco Zero. Dispõe de 04 salas, com aparelhos e equipamentos para atividades de campo e laboratório de discentes e docentes, 22 câmeras digitais semi-profissionais; 24 gravadores digitais de voz; 3 escâneres A3 de alta definição; 16 escâneres de negativos; 13 escâneres portáteis sem fio.
O LABOCS tem sua organização administrativa e seu funcionamento disciplinados pelo Regimento Interno do Curso de Ciências Sociais, pelos Regimentos, Regulamentos e Normas da UNIFAP e é órgão setorial que visa atender: docentes, discentes do Curso Ciências Sociais da Universidade Federal do Amapá (UNIFAP), das áreas de Graduação, Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão.
Outro espaço importante que estará disponível para o Mestrado profissional ora proposto, é o Observatório das Fronteiras do Platô das Guianas OBFRON. Instalado em sala de 23 m² com mobiliário (armário, mesas, cadeiras, estante) e equipamentos de informática, o OBFRON também abriga uma pequena biblioteca composta por 500 livros e periódicos, monografias de TCC (Trabalho de Conclusão de Curso), dissertações de mestrado e teses de doutorado sobre as questões geopolíticas e de fronteira nas áreas de Relações Internacionais, Ciências Sociais, História e Geografia.
Complementando a indicação dos Laboratórios/espaços citamos o PAMER – Programa de Apoio a Migrantes e Refugiados, instalado em sala de 20 m² com mobiliário (armário, mesas, cadeiras, estante), equipamentos de informática, além de outros equipamentos: 1 GPS, 3 câmeras fotográficas digitais, 1 filmadora digital, 1 gravador de voz digital, 5 gravadores de áudio, 1 projetor multimídia, 1 escâner portátil. O PAMER também abriga uma pequena biblioteca composta por 300 livros e periódicos, dissertações de mestrado e teses de doutorado sobre migrações internacionais, fronteiriças e transfronteiriças nas áreas de Relações Internacionais, Ciências Sociais, História e geografia.
Há ainda, apoio de Emenda Parlamentar no exercício orçamentário de 2016, para a compra de equipamentos com o objetivo de estruturar duas salas interativas para Pós-Graduação, onde haverá nova dinâmica na prática pedagógica docente e na participação do discente de cursos stricto sensu, a fim de possibilitar interação on line com Universidades nacionais e internacionais, bem como envolver a graduação e a comunidade externa, em especial professores e alunos da rede de Educação Básica.