As linhas de atuação da Clínica de Direitos Humanos da UNIFAP (CDH/UNIFAP) são organizadas por demanda interna ou externa. 

Demanda interna: Foca no alinhamento das necessidades dentro da própria UNIFAP.

Demanda externa: Envolve a interação com as redes e as instituições parceiras.

Assim, as linhas de atuação devem se adequar as competências definidas no art. 4º do Regimento da CDH/UNIFAP, visando:

I – Executar atividades de prática jurídica, pesquisa e de extensão voltadas para o ensino clínico do Direito vinculadas aos direitos humanos;

II – Capacitar os discentes para realizar pesquisas acadêmicas voltadas para os direitos humanos, objetivando a produção de peças técnicas, artigos científicos e monografias;

III – Promover a qualificação dos discentes para atuação prática na defesa dos direitos humanos, proporcionando vivência processual aos discentes em parceria com outras entidades governamentais e não governamentais;

IV – Estudar a legislação, a doutrina, a jurisprudência nacional e a internacional dos direitos humanos, formando bancos de dados;

V – Identificar e monitorar casos de violações dos direitos humanos, preferencialmente no Amapá e na Região Amazônica;

VI – Incentivar intervenções do poder público e da sociedade civil na tutela dos direitos humanos, fornecendo estudos que possam subsidiar políticas públicas, petições ou denúncias;

VII – Promover a realização de palestras, conferências, oficinas, minicursos, seminários e congressos para o aprofundamento e a difusão dos estudos em direitos humanos.