Na UNIFAP, a história dos departamentos acadêmicos começou, oficialmente, em 29 de abril de 2002, com a Resolução n. 09/2002-CONSU, que aprovou o Regimento Interno desta Instituição. Na ocasião, foram criados 6 (Seis) unidades acadêmicas, incluindo o Departamento de Educação (Ded).

Em 2012, ocorreu a implantação efetiva com a designação de diretores pro tempores, pelo Reitor à época, Prof. Dr. José Carlos Tavares Carvalho, o qual indicou o Prof. João Batista Gomes de Oliveira à direção do Ded.

Em 2013, ocorreu o primeiro processo eleitoral à gestão dos departamentos acadêmicos. À direção do Ded não houve inscritos, o que fez com que se publicasse novo edital. Concluído o processo eleitoral, em fevereiro de 2014, por meio das Portarias n. 0186 e 0187/2014-Reitoria, assumiram a Profa. Márcia Jardim Rodrigues (Titular) e o Prof. Álvaro Adolfo Duarte Alberto (Adjunto); funcionando, a partir de maio de 2014, no prédio do Centro de Estudos e Pesquisas da Amazônia (Cepa). Ainda em 2014, foi composto corpo técnico-administrativo integrado por Lourroni Duarte de Freitas (Assistente em Administração), Daniele de Oliveira Moraes (Secretária Executiva) e Hélcio Alcântara Cardoso (Técnico em Assuntos Educacionais).

No ano de 2016, foram criados os Conselhos Departamentais, por meio da Portaria n. 0220/2016-Reitoria, com efeitos retroativos a 23/12/2015; e, nesse contexto, foi criado o Conselho do Departamento de Educação (Conded).

No ano de 2017, ocorreu o segundo processo eleitoral à gestão do Ded com chapa única. A Profa. Sirliane da Costa Viana (Titular) e o Prof. José Alex Cantuária Queiroz (Adjunto) assumiram a direção em 31/10/2017 a 13/11/2019. No segundo semestre, foram realizadas novas eleições, mais uma vez com chapa única, tomando posse em 14/11/2019 os professores José Alex Cantuária Queiroz (Titular) e Alexandre Magno Guimarães (Adjunto).

Em 2021, houve novo processo eleitoral e foram eleitos como diretora a Profa. Antonia Costa Andrade e adjunto o Prof. Gustavo Maneschy Montenegro, o qual veio a assumir a direção Ded até o final do mandato, em dezembro de 2023.

Em 2023, ocorreu processo eleitoral com duas chapas concorrentes. A chapa vencedora foi composta pela Profa. Ana Olga da Silva Dias (Titular) e pelo Prof. Dilson Rodrigues Belfort (Adjunto), os quais tomaram posse em março de 2024.

Desde 2016, devido à reorganização dos espaços administrativos nesta Universidade, o Ded instalou no Bloco I, sala 1, onde funciona até a presente data.