O ingresso no cursos de graduação em Engenharia Civil da UNIFAP acontece por meio de Processo Seletivo e também do Sistema de Seleção Unificado (SISU) através da nota do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem). Cada tipo de seleção preenche 50% das vagas existentes.

Para concorrer às vagas, o estudante precisa prestar o ENEM (Exame Nacional do Ensino Médio) e obter pontuação suficiente para classificação. Na UNIFAP, as disciplinas do ENEM possuem pesos diferentes, a depender do curso escolhido, que interferem na nota final do candidato. O Processo Seletivo tem edital específico, divulgado no site da UNIFAP. Por meio do edital, o estudante se informa sobre o cronograma e as etapas da seleção.