Licenciatura Intercultural Indígena (CLII) é um curso regular de graduação da UNIFAP que visa atender estudantes indígenas de diferentes povos situados no Estado do Amapá e norte do Pará, como Aparai, Galibi-Ka’lina (Galibi do Oiapoque), Galibi-Marworno, Karipuna, Palikur, Tiryió, Wajãpi, Wayana e Apalai, oriundos das Terras Indígenas Uaçá, Juminã e Galibi, na região de Oiapoque, da Terra Indígena Wajãpi e do Parque Indígena do Tumuqumaque. O CLII possibilita, além de formação específica para atuar na Educação Escolar Indígena, ainda três áreas de formação: Linguagens e Códigos, Ciências Humanas e Ciências Exatas e da Natureza. Com essa formação, habilitam-se a atuar como professores da educação básica nas escolas indígenas de suas aldeias de origem. Em 2023 o CLII completou 16 anos de implementação e é uma das primeiras licenciaturas indígenas a serem criadas no Brasil.

O Curso de Licenciatura Intercultural Indígena (CLII) da Universidade Federal do Amapá (UNIFAP) foi implementado no ano de 2007 com o nome de Curso de Educação Escolar Indígena (CEEI). A proposta do Curso de Educação Escolar Indígena começou a ser definida e elaborada em 2002, a partir das reivindicações dos povos indígenas do Amapá e norte do Pará, em um contexto em que poucas instituições universitárias criavam cursos para atender à formação de professores indígenas. O Projeto Pedagógico de Curso (PPC) foi construído em 2005 e passou a ser executado em 2007, com o ingresso da primeira turma de discentes. Desde sua proposta inicial, o Curso se caracteriza por ser um curso regular da UNIFAP e está entre os primeiros cursos de Licenciatura em Educação Escolar Indígena implementados no Brasil.

Em 2011/2012, o Curso passou pelo processo de Reconhecimento do MEC, tendo recebido o conceito 3,0 (três), de acordo com a Portaria nº 546/2014 – SRES/MEC. Neste momento ele passa a se denominar Licenciatura Intercultural Indígena e esta mudança de nominação está relacionada com a legislação vigente sobre a educação escolar e políticas nacionais que atendem os povos indígenas e suas comunidades, ressaltando a diversidade e a interculturalidade que permeiam estes cursos.

Em 2017 o CLII completou 10 anos de atuação na formação de professores indígenas e, para avaliar sua trajetória de curso, realizou em julho do mesmo ano o primeiro Seminário ― Os Indígenas e a Universidade: 10 anos de lutas, conquistas e desafios do Curso de Licenciatura Intercultural Indígena – UNIFAP. O Seminário  foi  um  espaço  de diálogo  com  a  sociedade sobre  a presença e atuação do CLII no decorrer de uma década, assim, visou avaliar os objetivos e finalidades do Curso, bem como discutir, comparar e compartilhar os resultados alcançados na formação superior de professores indígenas no âmbito do ensino, pesquisa e extensão, para que, então, os atores sociais envolvidos pudessem indicar os anseios contemporâneos conectados com o atual momento histórico e os direcionamentos pertinentes a atender as novas demandas da formação superior indígena regional. O Seminário, enquanto um espaço de avaliação para as comunidades acadêmica e indígena refletirem sobre os impactos, as conquistas e os desafios da formação de professores indígenas em nível superior, consolidou as discussões sobre a necessidade de reformulação e atualização do PPC do Curso.

A presença do CLII na UNIFAP e na região – atendendo aos povos do Oiapoque, Galibi- Marworno, Galibi-Kalinã, Karipuna e Palikur-Arukwayene, aos povos do Parque do Tumucumaque, Apalai, Waiana, Tyrió e Kaxuyana e, ao povo Waiãpi – inaugurou, na história regional, um lugar de protagonismo dos povos indígenas, um ambiente contínuo e regular de formação de professores no ensino superior que atendesse, especificamente, a Educação Escolar Indígena.

Nesses 10 anos o CLII teve que se adaptar às novas necessidades de formação, nesse sentido, deixou de ser um curso de formação “para” professores para se tornar um curso de formação “de” professores “pesquisadores” indígenas. Em 2007 o Curso atendia os indígenas que já atuavam como docentes em suas aldeias. Em uma década passou a ser um curso de formação de professores pesquisadores, ampliando seu atendimento àqueles que queiram ingressar na carreira docente e, com isso, contribuindo para a ampliação do quadro de professores indígenas entre os povos do Amapá e norte do Pará.

Em 2019, o CLII atualizou o PPC do Curso enquanto uma resposta às novas demandas das comunidades indígenas por ele atendidas e das políticas nacionais da Educação Escolar Indígena. Esta Licenciatura Intercultural contribui para a formação de professores pesquisadores capazes de compreender seus contextos locais/regionais e intervir com autonomia no desenvolvimento de projetos, pesquisas, estudos e ações direcionadas à educação escolar, mas também relacionadas com o contexto indígena nacional. Neste mesmo ano o Curso passou pelo processo de Avaliação do MEC, tendo recebido o conceito 4,0 (três).