A Corregedoria da Universidade Federal do Amapá surgiu dentro da concepção trazida à baila pelo Decreto nº. 5.480, de 30 de junho de 2005, o qual criou o Sistema de Correição do Poder Executivo Federal, onde verifica-se a existência de uma “estrutura escalonada” de atuação no âmbito correcional.
No topo desta estrutura observa-se a existência da Controladoria-Geral da União (CGU), e em posição intermediaria temos as Corregedorias Setoriais, a exemplo da Corregedoria Setorial do Ministério da Educação e Cultura (MEC), a qual a CORREG/UNIFAP encontra-se imediatamente vinculada, dada a natureza do órgão onde encontra-se inserida esta unidade de correição. Por fim, no nível inferior desta estrutura encontram-se as Unidades Seccionais de Correição, as quais encontram-se inseridas na estrutura organizacional dos órgãos públicos federais, como exemplo, observa-se a corregedoria desta IFES. Assim, desta forma é que encontra-se organizado o Sistema de Correição do Poder Executivo Federal, do qual a CORREG/UNIFAP faz parte
Todavia, previamente à criação da Corregedoria da Universidade Federal do Amapá, os procedimentos de natureza disciplinar eram acompanhados nesta IFES pela CPS – Coordenação de PAD e Sindicância, órgão consultivo e de assessoramento em matéria disciplinar que atuou até meados de agosto de 2015, quando então, através de cooperação técnica firmada entre a UNIFAP – Universidade Federal do Amapá e a UnB – Universidade de Brasília – dado a necessidade de adequação aos ditames do Decreto nº. 5.480/2005 – foi criada a corregedoria no âmbito desta IFES.
A criação da CORREG/UNIFAP deu-se com a expedição da Resolução nº. 016/2015/CONSU-UNIFAP, a qual instituiu na estrutura organizacional da Universidade Federal do Amapá, a Corregedoria como Unidade Seccional de Correição, tendo como fundamento o Decreto nº. 5.480/2005.
Saliente-se que, a referida resolução fora aprovada ad referendum permanecendo em vigência até o advento da Resolução nº. 020/2016/CONSU-UNIFAP, a qual, após alterações e submissão ao Conselho Superior da Universidade Federal do Amapá foi devidamente homologada com alterações da antiga Resolução nº. 016/2015/CONSUUNIFAP. Portanto, já devidamente aprovada pelo seu Conselho Superior, a Universidade Federal do Amapá tem inserida em sua estrutura organizacional a sua Corregedoria, como Unidade Seccional de Correição, conforme depreende-se da citada Resolução nº. 020/2016/CONSU-UNIFAP.