A UNIFAP organiza-se e estrutura-se com base nos seguintes princípios:
I – unidade de patrimônio e administração;
II – indissociabilidade do ensino, pesquisa e extensão, vedada a duplicação de
meios para fins idênticos ou equivalentes;
III – universalidade de campo, pelo cultivo das áreas do conhecimento humano e
das áreas técnico-profissionais;
IV – pluralismo de idéias e de concepções pedagógicas; e
V – racionalidade de organização com utilização plena de recursos humanos e
materiais.