Corresponde à célula administrativa do colegiado que organiza o funcionamento do curso. É responsável por diversas ações como o gerenciamento de recursos humanos vinculados ao colegiado, gestão e registro de processos e serviços no âmbito administrativo, acadêmico e técnico-científico. Compete-lhe, ainda, a organização e gestão das atividades de ensino, pesquisa e extensão vinculadas ao curso de Ciências Ambientais.
A coordenação é exercida por um (a) docente vinculado (a) ao curso, eleito (a) democraticamente, conforme regulamenta o art. 88 do Capítulo V do Regimento Geral da UNIFAP e cujas atribuições são também disciplinadas pelo artigo 89 da mesma norma acadêmica: incisos I a VIII. Cabe, ainda, ao coordenador (a) representar as necessidades do curso junto aos órgãos competentes da IFES, convocar e conduzir as reuniões de colegiado, atender aos docentes e discentes sobre demandas atinentes ao curso. Ademais, exercer a representação do curso no Conselho Departamental do Departamento de Meio Ambiente e Desenvolvimento (DMAD). Para desenvolver todas essas competências o coordenador de Ciências Ambientais conta com o assessoramento direto de uma secretaria acadêmica