Em 16 de agosto de 2004, o Magnífico Reitor da UNIFAP, Professor João Brazão da Silva Neto, expediu a Portaria 407/2004 criando o grupo de trabalho para elaboração do Projeto Político Pedagógico – PPP do Curso de Graduação em Ciências Ambientais. Com base na Lei 9.394/96, que estabelece as Diretrizes e Bases da Educação Nacional (LDB), Parecer CNE/CES 67/2003, que trata do Referencial para as Diretrizes Curriculares Nacionais (DCN) dos Cursos de Graduação, associado a consultas técnicas de demanda junto ao setor público federal, estadual e municipal e instituições privadas, a proposta pedagógica para criação do Curso de Ciências Ambientais foi concebida.
O Curso de Ciências Ambientais integra o Plano de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais Brasileiras – REUNI da UNIFAP e foi aprovado por meio da Resolução N° 08/2008 – CONSU/UNIFAP, datada de 23 de maio de 2008.
Em 2008 foi realizado o primeiro processo seletivo para ingresso de alunos e alunas no curso de bacharelado em Ciências Ambientais. Já no de 2009 o curso começou, efetivamente, suas atividades.
Em 2019 o curso completou uma década de contribuição para a formação técnica e científica no Estado do Amapá.
