A Universidade Federal do Amapá, consciente da sua missão social para o desenvolvimento do estado do Amapá, em 1996 começou a discutir com o governo estadual e as prefeituras municipais o processo de interiorização de suas ações para a formação de mão de obra qualificada, chegando aos extremos Norte e Sul do estado, nos municípios de Laranjal do Jari e Oiapoque, constituindo, assim, os campus Sul e Norte, respectivamente.
Diante dos desafios para implantar o primeiro programa de interiorização, a Universidade Federal do Amapá elaborou o “I Projeto Norte de Interiorização” para ofertar cursos de graduação à população do interior. Com o apoio das prefeituras e do Governo do Estado, em 1999 firmou-se o primeiro programa de interiorização em regime modular, no período de recesso escolar (janeiro, fevereiro e julho), com sistema intensivo de aulas diárias, conforme a estrutura curricular de cada curso. O primeiro programa ocorreu no período de 1999 a 2004, com a oferta do Curso de Licenciatura em Geografia.
Com a conclusão do primeiro programa de interiorização, a Universidade deu sequência ao II Programa de Interiorização que, além de atender uma demanda específica de professores das redes estadual e municipal, passou a atender também o público oriundo do ensino médio, com isso oportunizando a população do interior ao acesso ao ensino superior.
Em 2007 foi criado e implantado no Campus Norte o curso de Licenciatura Intercultural Indígena, com o objetivo de formar professores para as escolas indígenas do estado. O curso possui formato de módulos, com aulas nos períodos de Janeiro/Fevereiro e Julho, ofertando 30 vagas anualmente. Foi o primeiro curso implantado no campus, com corpo docente e infraestrutura próprias.
Em 2011 foi dado inicio à construção de novos edifícios, com o objetivo de ampliar a capacidade do campus e receber novos cursos. Em 2013 o Campus Norte é transformado em Campus Binacional, através da Resolução Nº 01/2013 do CONSU/UNIFAP. Com isso, além do status transfronteiriço, o campus passa a ser administrado por uma direção geral e uma estrutura administrativa própria.
Em 2013 também foram criados sete novos cursos: Letras-Francês, História, Geografia, Pedagogia, Ciências Biológicas, Direito e Enfermagem, que tiveram o ingresso da primeira turma no primeiro semestre de 2014. Para estruturar os sete novos cursos foi realizado concurso para contratar novos professores, que seriam os responsáveis pela implantação dos novos cursos e o desenvolvimento de suas atividades.
Desde então o Curso tem contribuído com a formação de profissionais para atuar na educação e em diversos outros setores. Em 2018 foi criado o Curso de Pós-Graduação Lato Sensu Relações Socioespaciais na Fronteira franco-brasileira: Ensino e Desenvolvimento Local, permitindo a continuidade e especialização na formação profissional dos egressos do Curso. No ano de 2019 o Curso de Licenciatura em Geografia do Campus Binacional foi avaliado com nota 4 pelo MEC, tornando-se referência no Amapá e demonstrando o grau de consolidação e qualidade do Curso.