A Fundação Universidade Federal do Amapá (UNIFAP) iniciou suas atividades em 1970 como Núcleo Avançado de Ensino (NEM), vinculado à Universidade Federal do Pará (UFPA), com a oferta de aproximadamente 500 (quinhentas) vagas voltadas para o campo do magistério (licenciatura curta), implantando, assim, o ensino superior no Amapá.

     Na década de 1990, cria-se, de fato, a Fundação Universidade Federal do Amapá, autorizada por meio do Decreto n.º 98.977, de 2 de março de 1990. Em 1991, com a nomeação de um reitor pro tempore, a UNIFAP realiza o primeiro vestibular para os cursos de Direito, Secretariado Executivo, Geografia, História, Matemática, Letras, Educação Artística e Enfermagem. Com isso, institui-se de fato a Fundação Universidade Federal do Amapá.

     A Universidade Federal do Amapá, consciente da sua missão social para o desenvolvimento do estado do Amapá, em 1996 começou a discutir com o governo estadual e as prefeituras municipais o processo de interiorização de suas ações para a formação de mão de obra qualificada, chegando aos extremos Norte e Sul do estado, nos municípios de Laranjal do Jari e Oiapoque, constituindo, assim, os campus Sul e Norte, respectivamente.

     Diante dos desafios para implantar o primeiro programa de interiorização, a Universidade Federal do Amapá elaborou o “I Projeto Norte de Interiorização” para ofertar cursos de graduação à população do interior. Com o apoio das prefeituras e do Governo do Estado, em 1999 firmou-se o primeiro programa de interiorização em regime modular, no período de recesso escolar (janeiro, fevereiro e julho), com sistema intensivo de aulas diárias, conforme a estrutura curricular de cada curso. O primeiro programa ocorreu no período de 1999 a 2004. Com a conclusão do primeiro programa de interiorização, a Universidade deu sequência ao II Programa de Interiorização que, além de atender uma demanda específica de professores das redes estadual e municipal, passou a atender também o público oriundo do ensino médio, com isso oportunizando a população do interior ao acesso ao ensino superior.

     Em 2007 foi criado e implantado no Campus Norte o curso de Licenciatura Intercultural Indígena, com o objetivo de formar professores para as escolas indígenas do estado. O curso possui formato de módulos, com aulas nos períodos de Janeiro/Fevereiro e Julho, ofertando 30 vagas anualmente. Foi o primeiro curso implantado no campus, com corpo docente e infraestrutura próprias.

     Em 2011 foi dado inicio à construção de novos edifícios, com o objetivo de ampliar a capacidade do campus e receber novos cursos. Na foto abaixo está o então Reitor na época, José Carlos Tavares Carvalho, no centro, com equipe, em cerimônia de lançamento das obras de construção de três prédios no campus em Oiapoque, visando a implantação do Campus Binacional.

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     Em 2013 o Campus Norte é transformado em Campus Binacional, através da Resolução Nº 01/2013 do CONSU/UNIFAP. Com isso, além do status transfronteiriço, o campus passa a ser administrado por uma direção geral e uma estrutura administrativa própria. O primeiro Diretor Geral do Campus Binacional foi o Técnico em Assuntos Educacionais Paulo Roberto Miranda da Silva, que administrou o campus por 2 anos. Na foto abaixo, da direita para esquerda, Paulo Roberto Miranda (Diretor Geral), Adelma  das Neves Nunes Barros (Vice-Reitora), Franscisco das Chagas de Morais (Coordenador de Gestão Academico-Pedagógica) e Náriton Alberto Ferreira Soares (Coordenador de Gestão Administrativa e Financeira).

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     Em 2013 também foram criados sete novos cursos: Letras-Francês, História, Geografia, Pedagogia, Ciências Biológicas, Direito e Enfermagem, que tiveram o ingresso da primeira turma no primeiro semestre de 2014. Para estruturar os sete novos cursos foi realizado concurso para contratar novos professores, que seriam os responsáveis pela implantação dos novos cursos e o desenvolvimento de suas atividades. Na foto abaixo, em cerimônia de posse realizada no dia 9 de outubro de 2013, estão os primeiros professores concursados para atuar nos novos cursos.

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     No dia 27 de abril de 2015 toma posse o 2º Diretor do Campus Binacional, o Professor Eduardo Margarit, que dá início a uma reestruturação administrativa do campus. Na foto abaixo, a nova equipe de gestão do Campus Binacional, da esquerda para a direita, Lucinilma Silva de Lima (Coordenadora de Administração e Planejamento), Eduardo Margarit (Diretor Geral), Isan da Costa Oliveira Júnior (Coordenador de Gestão de Pessoas), Nilton Ferreira Bittencourt Júnior (Coordenador de Graduação) e Glauber Romling da Silva (Coordenador de Pesquisa, Extensão e Ações Comunitárias).

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     Atualmente o Campus Binacional segue em expansão, com o ingresso de novas turmas, professores e técnicos, sendo cerca de mil alunos, cem professores e quarenta técnicos. Há projeto de construção de novas instalações em terreno de cerca de cem hectares no município de Oiapoque para criar uma cidade universitária, que abrigará os cursos já existentes e outros que serão criados, além de alojamento, restaurante universitário, anfiteatro e centro poliesportivo.

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