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NUPHCE foi criado em 2013 por intermédio do Curso de Licenciatura Intercultural Indígena da UNIFAP/Campus Binacional de Oiapoque. O grupo foi cadastrado no Departamento de Pesquisa pela professora Eliane Leal Vasquez e no Conselho Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. A partir de janeiro de 2015, o NUPHCE passou a vincular-se ao Curso de Graduação em Matemática, Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas, Campus Marco Zero do Equador.
