O NUPHCE foi criado, em 2013, por Eliane Leal Vasquez após o seu ingresso como professora efetiva de Matemática do Curso de Licenciatura em Educação Escolar Indígena na Universidade Federal do Amapá (UNIFAP). O núcleo foi certificado pela UNIFAP e pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, ligado ao Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Comunicação no Brasil (CNPq/MCTIC).
Inicialmente, a coordenadora instituiu o núcleo, visando construir uma interface da História da Ciência e o Ensino Superior Indígena, e também para apoiar, coordenar e executar projetos de pesquisa e de extensão universitária, enfocando temas de interesse de estudantes indígenas.
De 2013 até maio de 2014, os integrantes do núcleo dedicaram-se a execução de projetos de pesquisa de graduação de estudantes indígenas. Em junho de 2014, dois projetos foram iniciados pela equipe do núcleo e aprovados pelo Colegiado do Curso de Licenciatura Intercultural Indígena, com o fim de cadastrá-los na Pró-Reitoria de Extensão e Ações Comunitárias, e no Departamento de Pesquisa da UNIFAP.
Os projetos de implantação do núcleo foram os seguintes:
● Projeto de Extensão: Coleção Monografia – Divulgando a produção discente;
● Projeto de Pesquisa: O Curso de Licenciatura Intercultural Indígena da Universidade Federal do Amapá: Do marco teórico e filosófico para sua criação e implantação.
A partir de janeiro de 2015, a professora Eliane Leal Vasquez passou a coordenar os projetos do NUPHCE, na cidade de Macapá, o que se justificou pela sua remoção para o Curso de Graduação em Matemática da UNIFAP, vinculado ao Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas, no Campus Marco Zero do Equador, na cidade de Macapá.
Com a conclusão do doutorado em História da Ciência pela professora Jussara de Pinho Barreiros pela PUC/SP, em 2020, ela assumiu a gestão do núcleo como vice coordenadora. Em 2021, a equipe do núcleo desenvolve ações integradas de pesquisa, ensino e extensão nas seguintes linhas:
1) História da Ciência e Estudo Penitenciário;
2) História da Matemática na Formação de Professores;
3) Ensino de Ciências, Qualidade da Vida Escolar e Cultura Indígena.
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