O mestre em Ciências Farmacêuticas formado pela UNIFAP deverá ser um profissional crítico, reflexivo, consciente de seu papel no contexto social e especializado na pesquisa de produtos naturais e sintéticos, desenvolvimento de novos fármacos e medicamentos, contribuindo para a autonomia nacional da área farmacêutica. Sua formação visa o desenvolvimento de habilidades e competências em:
a) Promoção da Saúde, através da pesquisa e desenvolvimento na área farmacêutica e prestação de serviços, analisando os problemas da sociedade e procurando solução para os mesmos;
b) Comunicação, através da interação com diferentes profissionais, em seminários, elaboração de publicações e exposição de achados científicos em eventos, além da capacitação para a docência;
c) Liderança e tomada de decisões, através do trabalho em equipe interdisciplinar, do desenvolvimento das disciplinas e projetos de pesquisa e na colaboração em orientação de alunos de iniciação científica;
d) Educação permanente para sua constante qualificação e capacidade de gerenciar sua formação e atuação profissional.